Di seguito un elenco dei servizi erogati dal sistema di Fatturazione elettronica:

• Generazione del file fattura: si tratta di una funzionalità, fruibile da portale “Fatture e Corrispettivi” o attraverso un’APP (“FatturAE”) sviluppata per dispositivi mobili sia su sistema Android che iOS, che consente a ciascun soggetto IVA di creare il file fattura attraverso la valorizzazione guidata e controllata di campi all’interno di form. Sono previsti anche dei modelli mirati per la generazione di fatture relative a specifiche categorie fiscali o comparti commerciali. La generazione del file fattura può essere effettuata anche attraverso un software stand-alone, disponibile sul sito dell’Agenzia delle entrate e installabile su PC, con una procedura di compilazione guidata.
• Controllo del file fattura: si tratta di una funzionalità, fruibile da portale “Fatture e Corrispettivi” che consente a ciascun soggetto IVA di sottoporre il file fattura, prima ancora del suo invio al Sistema di Interscambio, ad una verifica di validità formale che replica, con pochissime eccezioni, i controlli effettuati da SdI, e di conseguenza riduce al minimo il rischio di uno scarto del file dopo la sua trasmissione.
• Visualizzazione PDF fattura: si tratta di una funzionalità, fruibile da portale “Fatture e Corrispettivi” che, partendo dal file fattura (XML), consente a ciascun soggetto IVA di visualizzare in un formato ‘human readable’ il contenuto del file originario, che viene riportato all’interno di un file PDF e organizzato secondo un modello di rappresentazione standard scelto dall’utente tra quelli proposti.
• Modalità di trasmissione e ricezione delle Fatture elettroniche: il sistema consente l’utilizzo di diversi canali telematici per la trasmissione delle fatture elettroniche ed è in grado di accogliere file inviati attraverso:
  1. un sistema di posta elettronica certificata, avvalendosi di un gestore tra quelli inclusi nell'apposito elenco pubblico gestito dall'AgID;
  2. un sistema di cooperazione applicativa, su rete Internet, con servizio esposto tramite modello "web service" fruibile attraverso protocollo HTTPS ("servizio SdICoop"), richiamabile da un sistema informatico o da un'applicazione;
  3. un sistema di trasmissione dati tra terminali remoti basato su protocollo SFTP ("servizio SdIFtp") che consente la trasmissione dei file, preventivamente crittografati, attraverso protocolli di interconnessione e canali trasmissivi, anche eventualmente già in uso nei rapporti con l'Amministrazione finanziaria, seppure per altre finalità, all'interno di circuiti chiusi che identificano in modo certo i partecipanti assicurando la qualificazione del canale;
  4. un sistema di trasmissione via web fruibile mediante la specifica funzionalita' presente nell'area riservata del portale “Fatture e Corrispettivi”. o mediante APP “FatturAE” sviluppata per uso da dispositivi mobili. Si tratta di una funzionalità di ‘upload’ dei file con trasmissione telematica via Internet, con protocollo HTTPS e canale cifrato. 

Attraverso le stesse modalità di trasmissione, ad eccezione di quella via web (portale o APP mobile), il SdI invia la Fattura elettronica al destinatario. In ogni caso la fattura elettronica viene messa a disposizione nell'area riservata del portale “Fatture e Corrispettivi” del cessionario/committente e del cedente/prestatore. Si sottolinea che questa opzione rappresenta una modifica radicale del sistema di consegna della fattura elettronica tra privati in quanto rende facoltativo per il fornitore individuare l'indirizzo telematico del cliente, contrariamente a quanto previsto per la fatturazione verso la PA dove è necessario individuare il codice IPA (Indice della Pubblica Amministrazione).

L’utilizzo dei canali telematici di tipo web service o SFTP, sia in trasmissione che in ricezione, presuppone il completamento di una fase propedeutica di accreditamento (attraverso funzionalità fruibile dal sito www.fatturaPA.gov.it) che si conclude con la sottoscrizione di un Accordo di Servizio e che consente di censire preventivamente i soggetti che interagiranno con il Sistema di Interscambio.

• Monitoraggio dei flussi di fatturazione: si tratta di una funzionalità presente nell'area riservata del portale “Fatture e Corrispettivi” che consente a ciascun soggetto IVA di verificare lo stato di avanzamento del processo di fatturazione e di visualizzare le eventuali ricevute/notifiche prodotte dal Sistema di Interscambio, sia relativamente alle fatture emesse e trasmesse che alle fatture ricevute.
• Registrazione dell’indirizzo telematico di ricezione delle fatture elettroniche: si tratta di una funzionalità presente nell'area riservata del portale “Fatture e Corrispettivi” che consente a ciascun soggetto IVA di indicare la modalità con la quale desidera ricevere le fatture elettroniche per le quali risulta cessionario/committente. La funzionalità consente di registrare il canale (web service o SFTP, attraverso l’indicazione del Codice Destinatario ad esso associato, oppure la casella PEC) sul quale si desidera vengano consegnate le fatture.
• Censimento canale abituale di trasmissione: si tratta di una funzionalità presente nell’area riservata del portale “Fatture e Corrispettivi” che consente a ciascun soggetto IVA di indicare il canale attraverso il quale abitualmente trasmette le fatture al Sistema di Interscambio; questo censimento consente al Sistema di Interscambio di inviare un avvertimento al soggetto IVA trasmittente nei casi in cui abbia ricevuto una fattura dello stesso soggetto IVA proveniente da canale diverso da quello da lui indicato come canale abituale e dandogli, di conseguenza, la possibilità di individuare ed eventualmente bloccare situazioni anomale. 
• Censimento codici contratto per società di pubblici servizi: si tratta di una funzionalità presente nell’area riservata del portale “Fatture e Corrispettivi” che consente, ai soggetti IVA che erogano a consumatori finali prestazioni di servizi di pubblica utilità disciplinate dal decreto ministeriale 24 ottobre 2000, n. 366 e dal decreto ministeriale 24 ottobre 2000, n. 370, di comunicare i codici contratto, relativi a contratti stipulati anteriormente al 1° gennaio 2005 nei quali non sia stato riportato il codice fiscale del committente e per i quali non sia stato possibile identificare il predetto codice fiscale. Tali codici contratto verranno utilizzati per l’emissione delle fatture elettroniche in sostituzione del codice fiscale del committente. Con le stesse modalità è possibile comunicare l’elenco dei codici identificativi univoci dei rapporti contrattuali, preventivamente comunicati all’Agenzia delle entrate, cessati ovvero per i quali si è riusciti a identificare il codice fiscale.
• Generazione di un codice a barre bidimensionale (QR-Code): si tratta di una funzionalità che consente di generare un QR-Code contenente le informazioni anagrafiche IVA del cessionario/committente, aggiornate all'ultima variazione presente in Anagrafe Tributaria, e del relativo indirizzo telematico del destinatario (Codice Destinatario o casella di PEC) comunicato dal cessionario/committente mediante il servizio di Registrazione dell’indirizzo telematico di ricezione delle fatture elettroniche. Il QR-Code è generabile accedendo sia dal "Cassetto Fiscale" del sito dell’Agenzia delle entrate, sezione "Dati Anagrafici", sia dall'area riservata del portale "Fatture e Corrispettivi".
• Archiviazione delle Fatture elettroniche su un sistema documentale delle fatture elaborate e non scartate dal sistema di accoglienza del SdI con attribuzione di un identificativo.
• Consultazione delle Fatture elettroniche archiviate nel sistema documentale dall'area "Consultazione dati rilevanti ai fini IVA" del Portale Fatture e Corrispettivi. La funzionalita' prevede anche la possibilità di aggiornare lo stato di "recapito" delle fatture che vengano consultate dal soggetto destinatario sul portale Fatture e Corrispettivi, qualora non sia stato effettuato il loro recapito mediante i canali previsti(presa visione). La consultazione può essere puntuale della singola fattura ovvero massiva di un insieme di fatture ricercate secondo criteri di ricerca predefiniti.
• Conservazione elettronica gratuita di tutte le fatture emesse e ricevute (anche non firmate) tramite SdI, utilizzabile previa sottoscrizione online da parte del contribuente di un nuovo accordo di servizio a seguito del quale le Fatture elettroniche recapitate tramite SdI verranno automaticamente archiviate in conservazione. Tale servizio e' valido sia ai fini fiscali che civilistici e penali.
• Accordo di servizio online adeguamento delle funzionalita' al fine di consentire la sottoscrizione di un nuovo accordo per l'adesione al servizio di conservazione all'interno del portale Fatture e Corrispettivi.